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社會企業某種程度補足了營利組織與非營利組織的二個缺口。第一個缺口，是社會企業要能解決社會問題；第二個缺口是要能有機式的自己自足與永續發展，而非純粹仰賴外部捐贈。換言之，社會企業雖然要以解決社會問題為終極關懷，但必須務實地採取市場機制的營運模式為手段。換言之，社會影響力極大化是社會企業的存在「目的」，但組織營運的「手段」要能自給自足和永續發展。所以社會企業必需跟營利組織學習如何經營、如何創新，致力於「藉由經濟手段解決社會問題」。社會企業試圖把非營利組織和營利組織各自擅長優點加以極大化，將社會使命與獲利手段捆綁在一起，形成一種新的組織營運系統。但事實上，這樣的精神或多或少都存在目前營運良好的非營利組織或營利組織中。所以說，社會企業並非以特定的組織結構或型態來呈現其營運精神。只要組織存在可以同時解決社會問題，且得以獲利地永續經營，就宣稱它具有社會企業。

在此脈絡下，社會創新（social innovation）成為近期學界與實務界關注的焦點。社會創新係指解決社會問題的新方案，透過共同協作，以改革或超越令集體需求被邊緣化或導致不公的制度；該方案不為個人利益，而是為整體社會創造價值，此一新方案將資源做更有效的利用，並產生新的社會價值，比起現有解決問題的方法更有效果、效率及永續性。在公共政策、公共事務、教育、社會企業、社區發展等領域，必須挹注社會創新的思維，方能設計貼近社會需求與創造社會價值的治理模式，這既是學術研究課題，更是事關社會發展，具有實踐意義的治理型態。本所於2017年正式更名為「公共事務與社會創新研究所」，正力圖從此一新的思考框架，重新定位與校正課程訓練，培育學生擁有創新思維與能加，以因應議題的複雜性、動態性和多樣性。